马血清被广泛用作免疫测定中的阻断剂。马血清比胎牛血清 (FBS) 含有更多的免疫球蛋白，蛋白质含量更高，是一种具有成本效益的胎牛血清替代品。

马血清用于诊断分析、支原体生长过程中的补充或用于造血干细胞和神经元细胞的培养。